С сентября 2015 года проводится реорганизация 6 томских НИИ медицинского профиля, подведомственных ФАНО России.
Реорганизация подразумевает несколько этапов. I этап (подготовительный) включал ряд мероприятий, таких как разработка программы развития и системы управления объединенного учреждения, одобрение их на Ученых советах институтов, получение положительных экспертных заключений от ведущих ученых, согласование с Российской академией наук, научно-координационным советом ФАНО и Правительством России. Итогом - стал приказ ФАНО России от 20 января 2016 года N22 "О реорганизации Федерального бюджетного научного учреждения "Томский научно-исследовательский институт онкологии". На его основании с 31 марта 2016 г. Томский НИИ онкологии будет реорганизован в форме присоединения к нему НИИ кардиологии, НИИ фармакологии и регенеративной медицины им. Е.Д.Гольдберга, НИИ медицинской генетики, НИИ психического здоровья, НИИ акушерства, гинекологии и перинатологии. Полное наименование Учреждения после завершения мероприятий по реорганизации - Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук".