- Дирекция
- Управление научной политики и координации научных исследований
- Отдел научно-образовательной деятельности
- Административно-хозяйственная служба
- Научно-исследовательский институт онкологии
- Научно-исследовательский институт кардиологии
- Научно-исследовательский институт психического здоровья
- Научно-исследовательский институт медицинской генетики
- Научно-исследовательский институт фармакологии и регенеративной медицины имени Е.Д. Гольдберга
- Филиал Тюменский кардиологический научный центр
- Центр коллективного пользования "Медицинская геномика"